Conçu pour générer de l’ADNc à brin codant amplifié prêt pour la fragmentation et l’étiquetage grâce au kit d’étiquetage terminal Affymetrix™ GeneChip™ WT
Type de produit
Kit d’expression WT
Contenu et stockage
• µMélange d'enzymes 33 l premier brin (-20°C) • 132 µl Mélange de tampons premier brin (-20°C) • 165 µl Mélange d'enzymes second brin (-20°C) • 413 µl Mélange de tampons second brin (-20°C) • 198 µl Mélange d'enzymes IVT (-20°C) • 792 µl Mélange de tampons IVT (-20°C) • 10 µl ARN de contrôle 1 mg/ml (-20°C) • Eau sans nucléase de 1,75 ml (toute température) • Mélange µde tampon de 2 cycles de 264 l (-20°C) • 66 µl Amorces aléatoires (-20°C) • 264 µl Mélange d'enzymes de 2 cycles (-20°C) • 66 µl de RNase H (-20°C) • 3,3 ml de tampon de liaison acide nucléique (température ambiante) • 660 µl de billes de liaison acide nucléique (4°C) • Solution de lavage acide nucléique de 20 ml Concentrate (température ambiante) • Solution d'élution de 5 ml (4°C ou température ambiante) • 1
Comprend l’étiquette ou le colorant
Non
Méthode d’étiquetage
Marquage indirect
Transcriptase inverse
Exclusif
Marque
Invitrogen
Élimine l’étape de déplétion séparée de l’ARNr, préserve la couverture du transcriptomeLa méthode d’amplification Affymetrix de première génération nécessite une déplétion de l’ARN ribosomique (ARNr) des échantillons d’ARN pour une analyse optimale au niveau de l’exon. Inversement, le kit d’expression du WT Ambion™ utilise une nouvelle méthode d’amorçage de transcription inverse (RT) qui rend inutile l’étape distincte de déplétion de l’ARNr. Le kit comprend des amorces RT conçues à l’aide d’un algorithme propriétaire de correspondance des oligonucléotides qui élimine les séquences d’amorces avec homologie aux ARN ribosomiques connus. Le résultat est une couverture complète et non biaisée du transcriptome, avec des niveaux d’amplification de l’ARNr significativement inférieurs à ceux des autres méthodes.Résultats cohérents avec moins d’ARN d’entréeAvec le kit d’expression Ambion WT, des échantillons dès 50 ng d’ARN total peuvent être analysés sur les matrices 1.0 ST Affymetrix GeneChip, exon et gène humain, de souris et de rat. Les méthodes précédentes exigeaient 1 μg d’ARN total : souvent difficile ou impossible à obtenir à partir de sources limitées telles que des cellules souches ou de petits échantillons de tissus. La seule exigence, celle de l’entrée d’ARN, permet l’analyse d’échantillons rares et offre une expérimentation plus efficace et rentable pour la plupart des types d’échantillons. Pour démontrer les performances du kit d’expression WT, l’ARN de trois types d’échantillons (cellules HeLa et échantillons A et B de contrôle qualité des microarrays (MAQC)) a été préparé en trois exemplaires à l’aide du kit de synthèse et d’amplification de l’ADNc Affymetrix GeneChip WT ou du kit d’expression WT, et analysé sur les arrays 1.0 ST d’exons humains. L’ARN total (1μg) préparé selon le protocole Affymetrix a subi une étape de déplétion de l’ARNr, tandis que seulement 50 ng d’ARN total (20 fois moins) a été préparé pour l’analyse en microarray à l’aide du kit d’expression WT. Les deux ensembles d’échantillons ont été manipulés conformément aux recommandations des fabricants. La corrélation directe des rapports log2 des échantillons A et B de MAQC était élevée (r >0,94) au niveau de l’exon comme à celui de la transcription. La corrélation des rapports log2 avec les données d’expression génétique obtenues à l’aide des matrices d’expression génétique TaqMan™ pour la PCR en temps réel était également élevée pour les deux kits.Identifier plus d’expression différentielle avec moins d’ARNEn plus de ses plus faibles besoins en ARN d’entrée, le kit d’expression WT offre une augmentation significative de la sensibilité. Davantage de jeux de sondes détectés au-dessus du bruit de fond ont été obtenus au niveau des exons avec le kit d’expression WT en raison d’un rapport signal-bruit accru. Une comparaison des résultats de l’analyse de l’expression différentielle à partir des deux méthodes a indiqué que, bien que les gènes et exons exprimés différemment par les échantillons A et B de MAQC aient été similaires entre les deux kits (respectivement 78 % et 89 %), une expression différentielle significativement plus importante a été observée sur des matrices hybridées avec des échantillons préparés à l’aide du kit d’expression WT. 499 gènes et 6 850 exons supplémentaires ont été exprimés différemment dans des échantillons préparés à l’aide du kit Ambion, par rapport aux échantillons préparés avec le kit Affymetrix.
Marquage de matrice d’expression, analyse et génotypage d’expression de gènes, analyse de microarray, amplification d’ARN
Points forts
Informations sur la commande
Conditions d’expédition : Homologué pour des expéditions sur de la glace carbonique ou mouillée
Caractéristiques principales
Optimisé pour une utilisation avec des matrices 1.0 ST Affymetrix GeneChip humain, souris et rat
Permet d’analyser des échantillons d’ARN d’à peine 50 ng sur les matrices Affymetrix GeneChip
Prend en charge un flux de travail rationalisé qui ne nécessite pas d’étape de déplétion d’ARNr distincte
Idéal pour le profilage d’expression à haute sensibilité
Caractéristiques techniques
Marque
Invitrogen
Réf. B-LABO
BL-RE-130568
Réf. fabricant
10351465
Type de produit
Kit d’expression WT
Contenu et stockage
• µMélange d'enzymes 33 l premier brin (-20°C)<br>• 132 µl Mélange de tampons premier brin (-20°C)<br>• 165 µl Mélange d'enzymes second brin (-20°C)<br>• 413 µl Mélange de tampons second brin (-20°C)<br>• 198 µl Mélange d'enzymes IVT (-20°C)<br>• 792 µl Mélange de tampons IVT (-20°C)<br>• 10 µl ARN de contrôle 1 mg/ml (-20°C)<br>• Eau sans nucléase de 1,75 ml (toute température)<br>• Mélange µde tampon de 2 cycles de 264 l (-20°C)<br>• 66 µl Amorces aléatoires (-20°C)<br>• 264 µl Mélange d'enzymes de 2 cycles (-20°C)<br>• 66 µl de RNase H (-20°C)<br>• 3,3 ml de tampon de liaison acide nucléique (température ambiante)<br>• 660 µl de billes de liaison acide nucléique (4°C)<br>• Solution de lavage acide nucléique de 20 ml Concentrate (température ambiante)<br>• Solution d'élution de 5 ml (4°C ou température ambiante)<br>• 1
